メタン醗酵方式は、焼酎粕に嫌気性のメタン醗酵菌を投入してこの焼酎粕を腐敗させるものであるが、このメタン醗酵方式には、その腐敗後に残った消化液にアンモニウム成分のような窒素化合物が含まれるので、それを除去するための脱窒処理や、その醗酵のときに発生するガス中の硫化水素を除く脱硫処理、及びこれらの処理によって生じた汚泥を何らかの方法で更に処分しなければならないという問題がある。