酵素分解堆肥方式は、焼酎粕に蛋白質分解酵素を加えて、この焼酎粕中の蛋白質を分解して水溶性のペプチド及びアミノ酸にするものであるが、この酵素分解堆肥方式には、酵素を活性化させるための温度管理と、雑菌の侵入などの好ましくない事態を防ぐための微生物管理に専門家の知識や技術による高度の管理体制が必要になるという問題がある。